Y型分子篩類似金剛石的密堆六方晶系結構。若以β籠為結構單元,取代金剛石的碳原子結點，且用六方柱籠將相鄰的兩個β籠聯結，即用4個六方柱籠將5個β籠聯結一起，其中一個β籠居中心，其余4個β籠位于正四面體頂點，就形成了八面體沸石型的晶體結構。用這種結構繼續連結下去，就得到Y型分子篩結構。在這種結構中，由β籠和六方柱籠形成的大籠為八面沸石籠，它們相通的窗孔為十二元環，其平均有效孔徑為0.74nm，這就是Y-型分子篩的孔徑。X型分子篩和Y型分子篩結構完全相同，只是Y型分子篩硅鋁比高，水熱穩定性強，因而用途更加廣泛。
經后處理改性的Y型分子篩是流化催化裂化催化劑的主活性組分。Y型分子篩也用于加氫裂化、異構化及烷基化催化劑中。未經交換改性的 NaY分子篩是一種高效的干燥劑。